مهدی باکری در سال ۱۳۳۳ شمسی در میاندوآب به دنیا آمد. با ورود به دانشگاه مرحله‌ی جدیدی از زندگی علمی و سیاسی او آغاز شد. در همان سال‌ها به طور جدی پا در عرصه‌ی مبارزات سیاسی و انقلابی گذاشت. مطالعه‌ی کتاب ولایت فقیه امام خمینی نقش مهدی در شکل‌گیری شخصیت او بر جا گذاشت.
او در دانشگاه درس خواندن و یاور دانشجویان و بیرون از دانشگاه یک دانشجوی پر شور و حال و واقف به اوضاع و احوال زمان بود. او و دوستانش نقش مهمی در بر پایی تظاهرات شهر تبریز در پانزدهم خرداد ۱۳۵۴ و ۱۳۵۵ داشتند. همان زمان وی توسط ساواک شناسایی شد و بارها برای بازجویی به اداره‌ی امنیت برده شد اما چون مدرکی علیه او نداشتند تحت نظر آزاد شد. بعد از گرفتن مدرک مهندسی برای ادامه مبارزه از محیط دانشگاه خارج شد. در سال ۱۳۵۶ به عنوان افسر وظیفه به خدمت سربازی رفت و به تهران مأمور شد. در بحبوحه‌ی انقلاب مهدی به فرمان امام خمینی از پادگان گریخت و به ارومیه بازگشت. در این دوران مخفیانه زندگی می‌کرد و نیروهای جوان را سازماندهی و تربیت کرد.
با پیروزی انقلاب مهدی نقشی فعال در سازماندهی سپاه پاسداران داشت. مدتی هم دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. او در سال ۱۳۵۹ ازدواج کرد و روز بعد از عقد به سوی جبهه شتافت. در منطقه ی غرب سمت فرماندهی سپاه را به عهده گرفت. همان روزها بود که علی صیاد شیرازی به کردستان آمد و با مهدی آشنا شد.
مهدی پس از شرکت در عملیات‌های مختلف و پاکسازی ضد انقلاب، به منطقه‌ی جنوب کشور رفت و معاونت تیپ نجف اشرف را به عهده گرفت. در عملیات فتح‌المبین، در منطقه‌ی رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد. پس از بهبود به جبهه بازگشت و پس از آزاد سازی خرمشهر دوباره مجروح شد. با تشکیل تیپ عاشورا فرماندهی این تیپ را به عهده گرفت.
در عملیات حماسی خیبر که در جزیره ی مجنون بر پا شد برادرش به شهادت رسید. در روزهای آخر اسفندماه ۱۳۶۳ عملیات بدر آغاز شد. مهدی و نیروهایش ضربات مهلکی بر ارتش عراق می‌زنند. در روزهای ۲۵ اسفند ماه مهدی و همرزمانش در مقابل عراقیها مقاومت کردند.
هر چند فرماندهان ارشد سپاه سعی کردند مهدی را به عقب بازگردانند توجهی نکرد و سرانجانم با اصابت گلوله‌ای به سرش به سختی مجروح می‌شود و هنگام بازگشت به عقب موشکی به قایق آنها اصابت می‌کند و پیکر آنها راهی دریاها می شود.